使用手册

核心术语

基础数据：基于 rawdata (测序仪下机数据或质谱仪下机数据) 生成的基因丰度表、物种丰度表和功能丰度表，质控结果，样本信息，鉴定表和峰强度表被称为基础数据，基础数据是 Dr.Tom 系统分析的基础。

分析方案：两个单组学的数据到关联分析的结果，需要您填写并确认样品对应关系以及必要的分析参数，这些信息称为分析方案。

分析流程：分析流程简称流程，指的是按照您填写的分析方案进行标准化分析的过程，该步骤产生的结果会在您的报告中呈现。

报告：报告将部分或全部分析结果按一定规则分类，组织到一起，可以通过网页或 PDF 查看。

切图：填写完分析方案后，系统会按照您设定的方案对每个分析点进行分析。按照不同的分组和（或）其他参数可能会产生多个的结果。在结果页面切换分析参数以调出分析流程分析结果称为切图。

图设置：对于流程绘制的图片，如果您需要进行一些调整可以点击结果页面图设置，对当前图片进行设置，图设置一般不会修改绘制图片所需的数据。

自定义绘图：在分析结果页面，如果您有流程中没有涉及的分析需要进行，可以点击自定义绘图。自定义绘图会按照您的要求筛选数据，以方案预设图设置进行绘图。

小工具：小工具的作用和自定义绘图一样可以筛选数据重新绘图，区别在于小工具提供了自由度更高的数据筛选能力，甚至您可以手动筛选数据。

三步新建分析

关联分析是以报告为维度的，您的代谢组基础数据和被关联的组学基础数据（如宏基因组）必须各自至少有一份报告，才能新建关联分析方案。如果您的基础数据中没有生成报告，请先生成报告。另外还需要您的帐号中同时有代谢组数据和宏基因组数据才能新建关联分析。

注意

1. 若您忘记密码需要先重置密码，才能登录系统。
2. 每份代谢组分析结果会赠送 3 次关联分析机会，关联分析次数与代谢组次数相同。

在系统基础数据页面中，每一个卡片表示一个项目。目前，系统支持宏基因组和代谢组项目建立关联分析。

第一步：选择项目

进入新建分析页面后，点击最上方的关联分析按钮以新建关联分析方案。

小贴士

• 在上图 ① 处新建分析时，需要手动选择一个宏基因的报告，再选择一个代谢组的报告；
• 在上图 ② 处新建分析时，会为您筛选出对应组学基础数据拥有的报告，已缩小您的选择范围，另一组学报告不会有筛选操作。

您也可以通过点击表格标题上的漏斗或箭头 ，进行筛选或排序，从而快速定位到目标报告。

第二步：选择样品

因关联分析涉及到样品多组学和（或）多批次。为了进行关联分析，需要您对样品进行配对，以确保参加分析的两组学样本一一对应。系统为您提供了两种样品配对的方式：

1. 点选匹配：列出选中某一组学项目中的样品，通过点击的方式选择另一组学中对应的样品名称。
2. 导入匹配：下载模板，在模板中每一行填写一个配对样本，然后上传到系统中。

您可以根据您的实际情况，按照下列建议选择一个样品配对方式：

实际情况	点选匹配	导入匹配
1. 样本数较少	√
2. 两组学样品名大部分已经对应	√
3. 样本数很多		√
4. 需要对样品批量重命名		√
5. 需要删减部分样品		√

小贴士

• 若您需要对样品批量重命名，请选择导入匹配，并在第三列中填写新的样品名称。
• 您可以通过右下角的已配对数来确定进入分析样品数是否符合您的需求/计划，其中分子蓝色加粗数字表示已经配对的数量，分母在点选匹配中表示左边组学的数量，在导入匹配中表示任一组学的样品数量。
• 您可以暂存当前的方案填写，之后在我的报告中找到，然后继续填写。

点选匹配

系统首先会根据两组学的样品名尝试自动匹配，若两个组学中的样品数量相等，样品名完全相同，通常可自动匹配好，您核对无误后直接点下一步即可。若系统没有自动匹配，或自动匹配错误，则需要您通过手动点击选择样品配对关系，

小贴士

① 点选匹配可以通过交换按钮 将样品少的组学放在左侧，以方便查看和比较；
② 点选匹配不支持删除样品，如您需要删除部分样品，请在第一步选择合适的参加关联分析的报告，或者使用导入匹配；
③ 代谢组中若配对了一个样本，则该样品所在的分组内的所有样品应该全部被配对。

导入匹配

请先下载样品列表，按照需求将需要配对的样品放置在一行上，将修改后的配对文件上传到系统中，或直接粘贴到输入框，即可完成匹配。

小贴士

① 下载后的文件请用 EXCEL 软件进行编辑；
② 每一行表示一对配对样本，请删除不需要的样本，以确保每个样本都被配对上；
③ 代谢组中若配对了一个样本，则该样品所在的分组内的所有样品应该全部被配对；
④ 导入匹配的第三列是可选的，您可以在此输入样品新的名称。

注意，输入样品名必须符合下列规则

1、样品名允许英文字母、数字和下划线组成，且必须以字母开头；
2、最多15个字符；
3、样品名不能重复（忽略大小写，如 A1 与 a1 视为同名）；

第三步：填写方案

填写方案中需要您确定方案名称（可选），样品名称，分组方案，筛选条件等。

• 方案名称是可选的，但强烈建议您填一个方便您记忆和查找的有意义的名称。
• 样品和分组方案中的分组名称，决定了他们在分析结果中的名字。结果的所有表中，会采用方案中填写的名称，结果的所有图中的样品名称（如果有）和分组名称（如果有）也会采用方案中的名称。
• 比较组设定，决定了在差异分析中有哪些分组会被进行差异比较。关联分析的比较组设定以代谢组为准，您只需要选择代谢组内设定好的比较组即可。

小贴士

方案填写完成后需要您及时提交或暂存。

• 提交的方案将会进入流程分析，并在完成分析后向您的邮箱发送通知；
• 若您退出系统，可在我的报告中找到上次未提交的方案继续编辑后提交；
• 新建分析的参数在系统内有详细说明，如您第一次使用，请仔细阅读说明；

查看结果报告

报告入口

您收到完成分析的邮件通知时，以收到邮件的邮箱登录系统，在我的报告（①）内可以找到并查看分析结果。通过卡片页面查看按钮右上角的红点（④），可以快速定位已经完成但是没有查看的报告。

您也可以通过搜索栏（②）输入您在方案中填写的名称或筛选（③）快速定位到报告。

报告页面布局

结果页面由顶栏、侧边栏、结果切换和结果区域组成。

1. 顶栏： 常驻功能，包括我的分析、下载数据包、图库、下载 PDF、语言切换；
2. 侧边栏：点击侧边栏可以进入相应的分析内容和对应的帮助；
3. 结果切换：在此切换不同结果或查看帮助；
4. 结果区域：结果区域有三种情况
   a. 流程结果：流程分析产生的结果在这里呈现，也列出了分析说明、结果说明，同时您还可以对生成的结果进行一定的自定义。
   b. 帮助：帮助页面展示了详细的分析说明和可能遇见的问题。

重要功能介绍

在具体的结果页面，您可以查看绘图数据、下载分析中间数据、修改图片以及筛选数据以重新绘制图片。

1. 切图参数 ：通过不同的切图参数组合，可以查看该分析下的不同结果。
2. 查看所有图 ：不同切图参数的图可以在此预览，打包下载。
3. 相关文件下载 ：分析过程中产生的非绘图的文件可以在此处下载。
4. 自定义绘图 ：点击自定义绘图按钮打开参数设定面板，按照需求，设定好数据处理参数，即可提交自定义绘图任务。
5. 任务列表 ：自定义绘图提交的任务，可以在此查看。

6. 图 表 切换：分析结果可视化结果是图，直接绘图数据为表，系统内可以同时切换图表查看视图。
7. 图设置 ：点击展开对应图的设置面板，按照需求调整图片的颜色，字体，字号等参数。
8. 添加到图库 ：您可以将您满意的图片添加到图库，以方便后续查看。
9. 下载图片 ：系统提供了 PNG、JPG、SVG 和 PDF 四种格式的图片下载。
10. 增加图片显示区域 ：点此按钮可以拓展图片显示的区域，以获得广大的视野范围。

11. 右侧表格：有些分析结果页面，提供了右侧表格，您可以点击扩展列设置右侧表格的表头。同时您点击左边图片的部分元素，右侧表格也会同步筛选出该元素包含的数据，默认情况下只能选择一个元素，开启多选后可以选择多个元素。

图设置详解

您可以对一部分的图片按照需求进行调整，包括图片的元素存在与否、元素大小和元素颜色。

图设置注意事项

您对图片所有的修改都只针对当前分析结果，并且该结果不会保存，这意味着当您退出系统，当前的修改将会丢失，因此，强烈建议您及时下载自己满意的结果，或将其添加到图库。

若您需要将参数（配色、字体等）应用到切图后的其他结果，需要打开将参数应用于切换后的图，特别注意，该参数只在切图时生效，当您切换分析类型，图参数也会丢失。

红色星号 * 表示该参数为必填项目；部分参数有详细的解释说明，将鼠标悬浮于参数标题旁边的问号标识，可以看到参数的具体解释。

筛选数据以重新绘图

图设置只是修改图片的样式，改变的是图片的呈现形式，而自定义绘图和小工具会按照您的设定对数据进行筛选和整形，并使用默认的图设置，按照填写方案中的配色、分组进行绘图。

自定义绘图

按照分析方法和输入数据类型，对数据进行一定的处理，然后使用默认的绘图参数进行绘图，就是自定义绘图。自定义绘图结果在任务列表或我的分析中查看。

• 样本选择：在做 PCA、CCA 和 PLSDA 分析时，您可以根据分析需求选择样本。
• Top数目和排序对象：您可以按照分析需求选择指定排序对象（p 值排序或 q 值排序）的 Top N 的代谢物。
• 阈值筛选：在做相关性分析时，您可以手动设定相关性判断的阈值条件。
• 通路数目: 在做富集分析时，您可以手动设定通路数目。

小工具

具有右侧表格的分析结果页面，提供了更丰富的交互体验。您在选择图片某一可选区域时，右侧表格将自动筛选出该区域包含的数据。您也可以手动筛选数据，并从分析按钮进入，选择任意可用小工具以您筛选的数据提交分析，结果在我的分析中查看。

具体使用步骤：
① 在右侧表格中筛选出合适的数据，这些数据将会被用在接下来的步骤中，然后点击分析按钮。
② 在工具选择界面，鼠标悬浮在工具上方会有该工具的介绍，如果工具不可用，工具按钮将会被置灰，不符合的条件会被标注出来。
③ 选择一个合适的工具，进入参数设置。
④ 先选择参与分析的数据类型，有表达量数据、差异数据、其他数据可选。
⑤ 在设定好符合要求的数据后，点击确定就可以提交分析，分析结果在我的分析页面查看。

其他功能

1、我的分析
我的分析页面记录了所有您提交的自定义绘图和小工具绘图，点击具体条目可以进入对应的分析结果，在结果页面您也可以对结果再进行一定的自定义，也可以收藏自定义自己感兴趣的结果。

2、数据包下载
您可以在此下载标准流程分析过程（不包括登录报告后作的修改）中生成的所有数据。

3、我的图库
您在结果中点击添加到图库 按钮添加的到图库的图片，可以在这里找到。

4、下载 PDF
系统标准化分析结束系统将会生成一份标准报告，该报告涵盖了大部分的分析结果。

5、切换语言
系统提供了两种语言：简体中文和英语。

6、个人中心
列出了该报告关联的基础数据所生成的其他报告。

其他事项

1. 为了确保用户体验，请您尽量在 14 英寸或以上的屏幕使用本系统。
2. 如您对分析方法、分析结果含义有疑问。您可以直接在对应分析点帮助页/系统帮助页按下 Ctrl + F 输入关键词进行搜索。
3. 更详细的系统使用说明，您可以在报告内 『帮助』-『使用手册』中查看，或者在关联分析的帮助系统（https://biosys.bgi.com/help/association/）中查看。