常见问题

分析问题

1. 我们知道同一化合物在不同处理组是可以相互比较的，那么同一个个体，鉴定到的不同化合物之间离子强度是否也可以进行相对定量的比较？或者需要一个内参？

不同化合物一般不可进行相对定量比较。由于不同的化合物响应不同，除了特征性化合物外，很难找到一个合适的内参来对所有的化合物来进行相对比较。

2. 相同的 m/z 值和 RT 下物质比较多，一般用什么方法来进一步鉴定物质？

如果是分子式相同，结构相近的，其各项打分非常接近，这是难以从全谱水平上进行区分的。一般也都是阐述这类物质的生物学功能，能鉴定到大类即可。

3. 为什么要对代谢物的鉴定结果进行验证？

鉴定到的这些代谢物后续还需要标准品再进行验证才能确认。为何要用标品验证：由于化合物在不同仪器或不同实验条件下得到的谱图差异很大，因此通过数据库匹配的结果只供参考作用；而根据 2007 年 MSI（Metabolomics Standards Initiative 代谢组标准计划，由代谢组学协会提出）所提出的化合物鉴定原则，要真正确认化合物还是需要比对样品与标准品在相同实验条件相同仪器下得到谱图和出峰时间。本次检测条件与 BGI HR-PMDB 数据库建立的实验条件、检测仪器相同。

4. 为什么差异物对应的 pathway 有的是 NULL，有的为空值，有的则为 map* 编号？这表示标记 NULL 的代谢通路无法知道还是需要自己去 KEGG 数据库中搜索？如若自己搜索，该如何搜？

不是所有的代谢物在 KEGG 数据库中都注释到了通路。NULL 的就是没有注释到通路的；空值表示注释到通路但不是对应物种的通路，在此将其删掉了；有 map* 编号的则表示注释到通路上且属于该物种的代谢通路。

5. 代谢物表格中以BGI开头的代谢物ID（Metabolite ID）的含义是什么？与 KEGG ID 有什么区别？

代谢物 ID （Metabolite ID）中 BGI 开头的是华大自主建立的标品库的代谢物索引编号，KEGG ID 是 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库的代谢物编号。BGI 编号通常只用来作为代谢物的一个身份识别，KEGG 编号与通路注释有关，只有有 KEGG 编号的代谢物才会参与注释相关分析，比如富集分析。