使用手册
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核心术语
基础数据：代谢组基础数据指的是质控结果，样本信息，鉴定表和峰强度表，基础数据是 Dr.Tom 代谢组分析的基础。
分析方案：基础数据到最终的结果，需要您填写并确认样品名称、比较组以及必要的分析参数，这些信息称为分析方案。
分析流程：分析流程简称流程，指的是按照您填写的分析方案进行标准化分析的过程，该步骤产生的结果会在您的报告中呈现。
切图：填写完分析方案后，系统会按照您设定的方案对每个分析点进行分析。按照不同的分组和（或）其他参数可能会产生多个的结果。在结果页面切换分析参数以调出分析流程分析结果称为切图。
图设置：对于流程绘制的图片，如果您需要进行一些调整可以点击结果页面图设置，对当前图片进行设置，图设置一般不会修改绘制图片所需的数据。
自定义绘图：在分析结果页面，如果您有流程中没有涉及的分析需要进行，可以点击自定义绘图。自定义绘图会按照您的要求筛选数据，以方案预设图设置进行绘图。
小工具：小工具的作用和自定义绘图一样可以筛选数据重新绘图，区别在于小工具提供了自由度更高的数据筛选能力，甚至您可以手动筛选数据。
三步新建分析
如果您的服务合同中包含了分析服务，质谱下机后下机数据会生成基础信息，并向您发送邮件通知，此时您就可以使用收到邮件的邮箱帐号登录系统（https://biosys.bgi.com/），在基础数据处，新建分析方案进行分析。
注意，若您忘记密码需要先重置密码。
在系统基础数据页面中，每一个卡片表示一个项目，新到的项目会以红点标识，当查看按钮旁边有绿色对钩时，表示该项目可用，您可以点击查看按钮进入项目详情页面查看质控结果，样本信息，鉴定表和峰强度表。
第一步：选择项目
在上图 ① 处新建分析时，需要手动选择一个项目；在上图 ② 处或基础数据查看页面新建分析，则会默认选中当前项目。每份基础数据会赠送三次免费新建分析的机会。
第二步：选择样品
选择项目之后会列出选中项目的所有样品，请您根据您的需求，选择进入下一步分析的样品。
小贴士
① 可以按需进行筛选，然后全选筛选结果；
② 您可以暂存当前结果，并在我的报告中继续该填写分析方案；
③ 请您务必注意选中的样品数量是否符合预期。
第三步：填写方案
填写方案中需要您确定方案名称（可选），样品名称，分组方案，比较组设定，代谢物筛选条件等。
- 方案名称是可选的，但强烈建议您填一个方便您记忆和查找的有意义的名称。
- 样品和分组方案中的分组名称，决定了他们在分析结果中的名字。结果的所有表中，会采用方案中填写的名称，结果的所有图中的样品名称（如果有）和分组名称（如果有）也会采用方案中的名称。
- 比较组设定，决定了在差异分析中有哪些分组会被进行差异比较。
小贴士
方案填写完成后需要您及时提交或暂存。
- 提交的方案将会进入流程分析，并在完成分析后向您的邮箱发送通知；
- 若您退出系统，可在
我的报告中找到上次未提交的方案继续编辑后提交； - 新建分析的参数在系统内有详细说明，如您第一次使用，请仔细阅读说明；
- 每份基础数据有三次免费的新建分析方案机会。
查看结果报告
报告入口
您收到完成分析的邮件通知时，以收到邮件的邮箱登录系统，在我的报告（①）内可以找到并查看分析结果。通过卡片页面查看按钮右上角的红点（④），可以快速定位已经完成但是没有查看的报告。
您也可以通过搜索栏（②）输入您在方案中填写的名称或筛选（③）快速定位到报告。
报告页面布局
结果页面由顶栏、侧边栏、结果切换和结果区域组成。
- 顶栏： 常驻功能，包括我的分析、下载数据包、图库、下载 PDF、语言切换；
- 侧边栏：点击侧边栏可以进入相应的分析内容和对应的帮助；
- 结果切换：在此切换不同结果或查看帮助；
- 结果区域：结果区域有三种情况
a. 流程结果：流程分析产生的结果在这里呈现，也列出了分析说明、结果说明，同时您还可以对生成的结果进行一定的自定义。
b. 帮助：帮助页面展示了详细的分析说明和可能遇见的问题。
重要功能介绍
在具体的结果页面，您可以查看绘图数据、下载分析中间数据、修改图片以及筛选数据以重新绘制图片。
- 切图参数 ：通过不同的切图参数组合，可以查看该分析下的不同结果。
- 查看所有图
：不同切图参数的图可以在此预览，打包下载。 - 相关文件下载
：分析过程中产生的非绘图的文件可以在此处下载。 - 自定义绘图
：点击自定义绘图按钮打开参数设定面板，按照需求，设定好数据处理参数，即可提交自定义绘图任务。 - 任务列表
：自定义绘图提交的任务，可以在此查看。
- 图
表 
切换：分析结果可视化结果是图，直接绘图数据为表，系统内可以同时切换图表查看视图。 - 图设置
：点击展开对应图的设置面板，按照需求调整图片的颜色，字体，字号等参数。 - 添加到图库
：您可以将您满意的图片添加到图库，以方便后续查看。 - 下载图片
：系统提供了 PNG、JPG、SVG 和 PDF 四种格式的图片下载。 - 增加图片显示区域
：点此按钮可以拓展图片显示的区域，以获得广大的视野范围。
- 右侧表格：有些分析结果页面，提供了右侧表格，您可以点击扩展列
设置右侧表格的表头。同时您点击左边图片的部分元素，右侧表格也会同步筛选出该元素包含的数据，默认情况下只能选择一个元素，开启多选
后可以选择多个元素。
图设置详解
您可以对一部分的图片按照需求进行调整，包括图片的元素存在与否、元素大小和元素颜色。
请注意
您对图片所有的修改都只针对当前分析结果，并且该结果不会保存，这意味着当您退出系统，当前的修改将会丢失，因此，强烈建议您及时下载自己满意的结果，或将其添加到图库。
若您需要将参数（配色、字体等）应用到切图后的其他结果，需要打开将参数应用于切换后的图，特别注意，该参数只在切图时生效，当您切换分析类型，则图参数也会丢失。
红色星号 * 表示该参数为必填项目；部分参数有详细的解释说明，将鼠标悬浮于参数标题旁边的问号标识
，可以看到参数的具体解释。
筛选数据以重新绘图
图设置只是修改图片的样式，改变的是图片的呈现形式，而自定义绘图和小工具会按照您的设定对数据进行筛选和整形，并使用默认的图设置，按照填写方案中的配色、分组进行绘图。
自定义绘图
按照分析方法和输入数据类型，对数据进行一定的处理，然后使用默认的绘图参数进行绘图，就是自定义绘图。自定义绘图结果在任务列表或我的分析中查看。
- 比较组分子分母的选择：代谢组的上下调结果有分子分母的区分，需要您手动设定自定义分析中的分子和分母。
- 样本选择：在做 PCA 和 PLSDA 分析时，您可以根据分析需求选择样本。
- 代谢物数目和排序对象：您可以按照分析需求选择指定排序对象（p 值排序或 q 值排序）的 Top N 的代谢物。
- 阈值筛选：在做相关性分析时，您可以手动设定相关性判断的阈值条件。
小工具
具有右侧表格的分析结果页面，提供了更丰富的交互体验。您在选择图片某一可选区域时，右侧表格将自动筛选出该区域包含的数据。您也可以手动筛选数据，并从分析按钮进入，选择任意可用小工具以您筛选的数据提交分析，结果在我的分析中查看。
具体使用步骤：
① 在右侧表格中筛选出合适的数据，这些数据将会被用在接下来的步骤中，然后点击分析按钮。
② 在工具选择界面，鼠标悬浮在工具上方会有该工具的介绍，如果工具不可用，工具按钮将会被置灰，不符合的条件会被标注出来。
③ 选择一个合适的工具，进入参数设置。
④ 先选择参与分析的数据类型，有表达量数据、差异数据、其他数据可选。
⑤ 在设定好符合要求的数据后，点击确定就可以提交分析，分析结果在我的分析页面查看。
其他功能
1、我的分析
我的分析页面记录了所有您提交的自定义绘图和小工具绘图，点击具体条目可以进入对应的分析结果，在结果页面您也可以对结果再进行一定的自定义，也可以收藏自定义自己感兴趣的结果。
2、数据包下载
您可以在此下载标准流程分析过程（不包括登录报告后作的修改）中生成的所有数据。
3、我的图库
您在结果中点击添加到图库 按钮添加的到图库的图片，可以在这里找到。
4、下载 PDF
系统标准化分析结束系统将会生成一份标准报告，该报告涵盖了大部分的分析结果。
5、切换语言
系统提供了两种语言：简体中文和英语。
6、个人中心
列出了该报告关联的基础数据所生成的其他报告。
其他事项
- 为了确保用户体验，请您尽量在 14 英寸或以上的屏幕使用本系统。
- 如您对分析方法、分析结果含义有疑问。您可以直接在对应分析点帮助页/系统帮助页按下 Ctrl + F 输入关键词进行搜索。
- 更详细的系统使用说明，您可以在报告内 『帮助』-『使用手册』中查看，或者在代谢组的帮助系统（https://biosys.bgi.com/help/metabolomics/）中查看。