使用手册

核心术语

基础数据：从测序数据生成的基因丰度表、物种丰度表和功能丰度表被称为基础数据，基础数据是 Dr.Tom 系统分析的基础。基础数据随 Clean Data 一起交付。

分析方案：基础数据到最终的结果，需要您填写并确认样品名称、比较组、物种筛选规则等信息，这些信息称为分析方案。

分析和可视化：针对基础数据进行的统计学分析，如样品之间物种组成、群落功能的差异等，称为分析，对应的结果称为分析结果；将分析结果以图片的形式展现称为可视化，对应的结果称为可视化结果。

切图：填写完分析方案后，系统会按照您设定的方案对每个分析点进行分析，按照不同的分组或其他分析参数有多个的结果。在结果页面切换比较组、分析水平、绘图数据等参数调出分析结果称为切图。

图设置：流程绘制的图片，如果您需要进行一些调整可以点击结果页面图设置，对当前图片进行设置，图设置一般不会修改绘制图片所需的输入数据。

自定义绘图：在分析结果页面，如果您有流程中没有涉及的分析需要进行，可以点击自定义绘图。自定义绘图会按照您的要求筛选数据，以方案预设图设置进行绘图。

新建分析

如果您的测序服务合同中包含了分析服务，测序完成之后下机数据会生成基础信息，并向您发送邮件通知，此时您就可以使用收到邮件的邮箱帐号登录系统（https://biosys.bgi.com/）新建分析方案进行分析。若您忘记密码需要先重置密码。

在系统基础数据页面中，每一个卡片表示一个项目，新到的项目会以红点标识，您可以点击查看，进入项目详情页面查看测序结果、质控结果、组装和去冗余结果。

选择项目

您可以在上图 ① 处新建分析，此时需要您手动选择一个项目；若您在上图 ② 处或基础数据页面新建分析，则会默认选中当前项目。

选择样品

选择项目之后会列出选中项目的所有样品，请您根据您的需求，选择进入下一步分析的样品。

注意

请您注意选择的样品数量是否和预期的相符。

填写方案

填写方案中需要您确定样品名称，分组方案，比较组设定，归类到 others，若需要进行关联分析，还需要上传环境因子矩阵。

• 样品和分组方案中的分组名称，决定了他们在分析结果和可视化结果中的名字。如堆叠图的横坐标，差异丰度表中的样品名称。
• 比较组设定，决定了在差异分析中有哪些分组会被进行差异比较。
• 归类到 others，决定了分析结果中应该哪些物种被展示出来。

提示

方案填写完成后需要您及时提交或暂存。

• 提交的方案将会进入流程分析，并在完成分析后向您的邮箱发送通知。
• 若您退出系统，可在我的报告中找到上次未提交的方案继续编辑。

查看结果和自定义分析

您收到完成分析的邮件通知时，以收到邮件的邮箱登录系统，在我的报告内可以找到并查看分析结果。通过卡片页面查看按钮右上角的红点，可以快速定位已经完成但是没有查看的报告。

结果页面布局

结果页面由侧边栏、顶部菜单和内容区域组成。

• 侧边栏：点击侧边栏可以进入相应的分析内容和对应的帮助。
• 顶部菜单：在分析下的分析点中，您可以通过顶部菜单选择不同分析/可视化方法。
• 内容区域：根据不同的参数组合展示分析/可视化结果。

以下介绍了页面结构和其中包含的内容：

A、分析内容：Dr.Tom 宏基因组提供了基因分析（基础信息）、物种分析和功能分析的内容，每个分析内容下面又包括了不同的分析点。
B、分析点：分析点指的是在分析内容下的细分分析内容，分析点的划分让您对宏基因组能获得哪些结果有更清晰的认识。
C、具体结果页面：一个分析点可以使用多种分析方法，或者使用不同的可视化方案， Dr.Tom 为每个符合分析点要求的数据提供至少一种分析/可视化结果。但是，若您的数据不支持该分析点的要求，则不会展示该。
D、分析点详细说明：分析点说明提供了针对改分析的详细介绍和一些常见的问题，如您对分析方法不了解，推荐您先阅读该部分。
E、分析结果简短说明：针对具体的分析/可视化结果，提供了简短的介绍，通过介绍您可以了解该分析的意义。
F、预设的分析参数：用于切换不同的分析结果。在您填写完分析方案之后系统将按照您设定的参数进行流程分析，生成对应的结果/图片。通过图片上方的参数组合，您可以调出对应的分析结果。
G、可视化结果展示：这一部分区域展示的是结果，如果该分析包含图片则展示的是图片和绘图必须的数据表，否则展示的是分析结果表。
H、图内容说明：图说明介绍了图片的构成元素和您该如何理解这张图。

重要功能按钮

在具体的结果页面，您可以查看绘图数据、下载分析中间数据、修改图片以及筛选数据以重新绘制图片。

1. 图和图对应的数据。通常一个分析结果只有一张图片和绘图对应的数据。但也有一些特殊情况：
   • LEfSe 分析每个结果有 2 张图和 1 张表
   • CCA/RDA 分析每个结果有 1 张图和 2 张表
   • 网络图有 1 张图和 2 张表
   • Mantel 检验流程只有 1 张表，自定义绘图有 1 张图和 1 张表
2. 若分析内容存在中间数据，按钮为蓝色，您可以下载相关数据，否则按钮为灰色表示没有相关数据下载。
3. 您可以在此进行数据筛选和分析参数设定，并提交分析。之后，在任务列表和我的分析中查看结果。
4. 在此处修改图片配色，图片标题，字体大小等内容。
5. 若您对结果满意或者想和其他结果比较，您可以将图片添加到图库。并稍后在我的图库中查看。
6. 下载图片，系统提供了 PNG、JPG、SVG 和 PDF 四种格式的图片下载。
7. 点此按钮可以拓展图片显示的区域，以获广的视野范围。

图设置

您可以对所有的图片进行调整（GraPhlAn、LEfSe 和 线性回归 除外），包括图片的元素存在与否、元素大小和元素颜色。

请注意

您对图片所有的修改都只针对当前分析结果，如果您需要保留诸如配色、字体等设置，需要打开将参数应用于切换后的图。

如您不明白参数的含义，将鼠标悬浮于参数标题，可以看到参数的具体解释。

自定义绘图

图设置只是修改图片的样式，改变的是图片的呈现形式，而自定义绘图会按照您的设定对数据进行筛选和整形，并使用默认的图设置，按照填写方案中的配色、分组进行绘图。

按照分析方法和输入数据类型，对数据的处理包括物种分类水平/功能数据库或注释层级选择、样本选择、物种数据筛选、数据归一化方案选择等。

• 物种分类水平/功能数据库或注释层级选择：物种和部分功能数据库为多层级数据，而现有的分析大多只能针对一个层级，所以需要指定分析的数据层级。如物种分析可选界、门、纲、目、科属、种。
• 样本选择：自定义分析可以按照需求选择指定的样本重新分析绘图。例如，您在结果处发现某个样本异常，想剔除异常样本重新分析，则可以在自定义分析选择样品时不勾选该样本。
• 物种/功能筛选：系统中有两个设置可以进行物种筛选，分别是 物种/功能筛选 和 归类到 others，区别在于 物种/功能筛选 只会筛选出符合条件的数据展示出来，而 归类到 others 则会将不符合条件的数据归类到一个叫 others 的分类中展示出来。
• 数据归一化方案：数据归一化解决的是数据尺度和数据度量问题，如样品数据差异过大不方便在一张图中展示、环境因子中不同的环境因子度量不同而无法进行比较，可以进行数据归一化处理。

其他系统功能

1、我的分析

我的分析页面记录了所有您提交的自定义绘图和收藏的自定义绘图，点击具体条目可以进入对应的分析结果，在结果页面您也可以进行一定的自定义。

2、数据包下载

此处您可以下载整个流程分析的所有结果和完整的物种丰度表，但不包括功能和基因的丰度表信息。完整的基因丰度、物种丰度、功能丰度随 Clean Clean 交付。

3、我的图库

您在结果页面点击添加到图库按钮的图片，可以在这里找到。

4、导出 PDF

系统将主要结果汇总到 PDF 中。请注意 PDF 并非完全罗列所有结果，如您需要完整的结果，需要您进入系统查看。

其他事项

1. 因部分分析结果图片尺寸较大，请尽量在 14 英寸及以上的屏幕使用本系统以获得更好的体验。
2. 如您对分析方法、分析结果含义有疑问，您可以直接在对应分析点帮助页/系统帮助页按下 Ctrl+F 输入关键词进行搜索。