支持的物种

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Dr.Tom mRNA 项目支持的物种

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下表列出了系统支持分析的物种。

编号中文名拉丁名参考lncRNAmiRNAmRNAWGBS单细胞RNA-seq蛋白
1Homo_sapiensGCF_000001405.25_GRCh37.p13支持支持支持支持支持
GCF_000001405.39_GRCh38.p13支持支持支持支持支持
GCF_000001405.40_GRCh38.p14支持支持支持支持支持
Ensembl release-103支持支持支持支持支持
Ensembl release-104支持支持支持支持
Ensembl release-105支持支持支持支持
10Xgenomic refdata-gex-GRCh38-2020-A支持支持支持支持支持
10Xgenomic refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0支持支持支持支持
10Xgenomic refdata-cellranger-hg19-3.0.0支持支持支持支持支持
BD GRCh39-PhiX-gencodev29支持支持支持支持支持
UCSC hg38支持支持支持支持支持
2小鼠Mus_musculusGCF_000001635.26_GRCm38.p6支持支持支持支持支持
GCF_000001635.27_GRCm39支持支持支持支持支持
Ensembl release-103支持支持支持支持支持
Ensembl release-104支持支持支持支持
Ensembl release-105支持支持支持支持
UCSC mm39支持支持支持支持支持
UCSC mm10支持支持支持支持
10Xgenomic refdata-gex-mm10-2020-A支持支持
10Xgenomic refdata-cellranger-mm10-3.0.0支持
3大鼠Rattus_norvegicusGCF_000001895.5_Rnor_6.0支持支持支持支持支持
GCF_015227675.2_mRatBN7.2支持支持支持支持支持
Ensembl release-104支持支持支持支持
Ensembl release-105支持支持支持支持
Ensembl release-102支持
4烟草Nicotiana_tabacumGCF_000715135.1_Ntab-TN90支持支持支持支持
Edwards2017 (chromosome版本)支持
Edwards2017 (scaffold版本)支持
5拟南芥Arabidopsis_thalianaGCF_000001735.4_TAIR10.1支持支持支持支持支持
TAIR10支持支持支持支持
Araport11支持支持
6斑马鱼Danio_rerioGCF_000002035.6_GRCz11支持支持支持支持支持
Ensembl release-104支持支持支持支持(无细胞注释及细胞通讯部分)支持
Ensembl release-105支持支持支持支持
7果蝇Drosophila_melanogasterGCF_000001215.4_Release_6_plus_ISO1_MT支持支持支持支持
8水稻Oryza_sativa_Japonica_GroupGCF_001433935.1_IRGSP-1.0支持支持支持支持支持
rapdb-Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0支持支持支持支持
rice.uga.edu_version_7.0支持支持支持支持
RiceRC_ IGDBv1.9311支持支持支持
9油菜Brassica_napusGCF_000686985.2_Bra_napus_v2.0支持支持支持支持
BnPIR_zs11.v0支持支持
BnPIR_Darmor.v4.1支持支持
10Bos_taurusGCF_000003205.7_Btau_5.0.1支持支持支持支持
GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2支持支持支持支持
11Sus_scrofaGCF_000003025.6_Sscrofa11.1支持支持支持支持(无细胞注释及细胞通讯部分)支持
12玉米Zea_maysGCF_000005005.2_B73_RefGen_v4支持支持支持支持(无细胞注释及细胞通讯部分)支持
GCF_902167145.1_Zm-B73-REFERENCE-NAM-5.0支持支持支持支持
Zm-B73-REFERENCE-GRAMENE-4.0支持支持(无细胞注释及细胞通讯部分)支持
13线虫Caenorhabditis_elegansGCF_000002985.6_WBcel235支持支持支持支持
14膜虫Tetrahymena_thermophila_SB210_312017GCF_000189635.1_JCVI-TTA1-2.2支持支持
15番茄Solanum_lycopersicum_4081GCF_000188115.4_SL3.0支持支持支持支持支持
JGI-ITAG2.4支持支持支持支持
solgenomics.net-ITAG4.0支持支持支持支持支持
GCF_000188115.5_SL3.1支持支持支持
16Gallus_gallus_9031GCF_000002315.6_GRCg6a支持支持支持支持
GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b支持支持支持支持
release-107支持支持(无细胞注释及细胞通讯部分)支持
17毛果杨Populus_trichocarpa_3694GCF_000002775.4_Pop_tri_v3支持支持支持支持
JGI_v4.1支持支持
18棉花Gossypium_hirsutum_3635GCF_000987745.1_ASM98774v1支持支持支持支持
GCF_007990345.1_Gossypium_hirsutum_v2.1支持支持支持支持
cottongen_CRI_v1.0支持支持支持支持
19酿酒酵母Saccharomyces_cerevisiae_S288C_559292GCF_000146045.2_R64支持支持支持
20大豆Glycine_max_3847GCF_000004515.5_Glycine_max_v2.1支持支持支持支持
JGI-Wm82.a4.v1支持支持支持
GCF_000004515.6_Glycine_max_v4.0支持支持支持支持
GCF_004193775.1_ASM419377v2支持支持支持
21埃及伊蚊Aedes_aegypti_7159GCF_002204515.2_AaegL5.0支持支持支持支持
22苹果Malus_domestica_3750GCF_002114115.1_ASM211411v1支持支持支持支持
23甜橙Citrus_sinensis_2711GCF_000317415.1_Csi_valencia_1.0支持支持支持支持
24绿僵菌Metarhizium_acridum_CQMa_102_655827GCF_000187405.1_MetAcr_May2010支持支持
25Prunus_persica_3760GCF_000346465.2_Prunus_persica_NCBIv2支持支持支持支持
26白纹伊蚊Aedes_albopictus_7160GCF_001876365.2_canu_80X_arrow2.2支持支持支持
GCF_006496715.1_Aalbo_primary.1支持支持支持
27蒺藜苜蓿Medicago_truncatula_3880GCF_000219495.3_MedtrA17_4.0支持支持支持支持
GCF_003473485.1_MtrunA17r5.0-ANR支持支持支持支持
28大肠杆菌Escherichia_coli_str._K-12_substr._MG1655_511145GCF_000005845.2_ASM584v2支持支持支持
29黑曲霉Aspergillus_niger_5061GCF_000002855.3_ASM285v2支持支持
30绵羊Ovis_aries_9940GCF_002742125.1_Oar_rambouillet_v1.0支持支持支持支持
GCF_000298735.2_Oar_v4.0支持支持支持支持
GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0支持支持支持支持(无细胞注释及细胞通讯部分)支持
31山羊Capra_hircus_9925GCF_001704415.1_ARS1支持支持支持支持
32食蟹猕猴Macaca_fascicularis_9541GCF_000364345.1_Macaca_fascicularis_5.0支持支持支持支持
33欧洲蜜蜂Apis_mellifera_7460GCF_003254395.2_Amel_HAv3.1支持支持支持支持
34东方蜜蜂Apis_ceranaGCF_001442555.1_ACSNU-2.0支持支持支持
35白尾鹿Odocoileus_virginianus_texanus_9880GCF_002102435.1_Ovir.te_1.0支持支持支持
36落花生Arachis_hypogaea_3818GCF_003086295.2_arahy.Tifrunner.gnm1.KYV3支持支持支持支持支持
37穴兔Oryctolagus_cuniculus_9986GCF_000003625.3_OryCun2.0支持支持支持支持
38Ziziphus_jujuba_326968GCF_000826755.1_ZizJuj_1.1支持支持支持
39桔小实蝇Bactrocera_dorsalis_27457GCF_000789215.1_ASM78921v2支持支持支持支持
40木薯Manihot_esculenta_3983GCF_001659605.1_Manihot_esculenta_v6支持支持支持支持
GCF_001659605.2_M.esculenta_v8支持支持支持支持
41蔓花生Arachis_duranensis_130453GCF_000817695.2_Aradu1.1支持支持支持
42菠萝Ananas_comosus_4615GCF_001540865.1_ASM154086v1支持支持支持
43棉铃虫Helicoverpa_armigera_29058GCF_002156985.1_Harm_1.0支持支持支持
44二倍体棉花Gossypium_raimondii_29730GCF_000327365.1_Graimondii2_0支持支持支持支持
45棉蚜虫Aphis_gossypii_80765GCF_004010815.1_ASM401081v1支持支持支持
46吊丝虫Plutella_xylostella_51655GCF_000330985.1_DBM_FJ_V1.1支持支持支持支持
GCF_905116875.1_Haplomerged_assembly支持支持支持支持
47禾谷镰刀菌Fusarium_graminearum_PH-1_229533GCF_000240135.3_ASM24013v3支持支持
48绿猴Chlorocebus_sabaeus_60711GCF_000409795.2_Chlorocebus_sabeus_1.1支持支持支持
GCF_015252025.1_Vero_WHO_p1.0支持支持支持
49葡萄Vitis_vinifera_29760GCF_000003745.3_12X支持支持支持支持支持
ensembl_release-55支持支持
50家蚕Bombyx_mori_7091GCF_000151625.1_ASM15162v1支持支持支持支持
GCF_014905235.1_Bmori_2016v1.0支持支持支持支持
51土豆Solanum_tuberosum_4113GCF_000226075.1_SolTub_3.0支持支持支持支持
spuddb_DMv6.1支持支持支持
JGI_v6.1支持支持
52小麦Triticum aestivum L.(Chinese Spring)IWGSC RefSeq assembly v1.1支持支持支持
GCF_018294505.1_IWGSC_CS_RefSeq_v2.1支持支持支持
LncPheDB_v2023-11-24支持支持支持
53大麦barley (Hordeum vulgare)Barley_Morex_V2支持支持支持
54大黄鱼Large yellow croaker (Larimichthys crocea)GCA_003845795.1 LCFGL_HiC_1.0支持支持
GCF_000972845.2_L_crocea_2.0支持支持支持
55白菜Brassica_rapaGCF_000309985.1_Brapa_1.0支持支持支持支持
GCF_000309985.2_CAAS_Brap_v3.01支持支持支持支持
56白色念珠菌C_albicans_SC5314candidagenome_Assembly22支持支持支持
57北京鸭Anas_platyrhynchosGCF_000355885.1_BGI_duck_1.0支持支持支持支持
GCF_015476345.1_ZJU1.0支持支持支持支持
58毕赤酵母Komagataella_phaffii_GS115GCF_000027005.1_ASM2700v1支持支持
59藏羚羊Pantholops_hodgsoniiGCF_000400835.1_PHO1.0支持支持
60赤拟谷盗Tribolium_castaneumGCF_000002335.3_Tcas5.2支持支持支持支持
61非洲爪蟾Xenopus_laevisGCF_017654675.1_Xenopus_laevis_v10.1支持支持支持支持
62Canis_familiarisGCF_000002285.3_CanFam3.1支持支持支持支持
GCF_000002285.5_Dog10K_Boxer_Tasha支持支持支持支持
63胡萝卜Daucus_carota_subsp_sativusGCF_001625215.1_ASM162521v1支持支持支持
64黄瓜Cucumis_sativusGCF_000004075.2_ASM407v2支持支持支持支持
GCF_000004075.3_Cucumber_9930_V3支持支持支持支持
65辣椒Capsicum_annuumGCF_000710875.1_Pepper_Zunla_1_Ref_v1.0支持支持支持
66木霉Trichoderma_reesei_QM6aGCF_000167675.1_v2.0支持支持
67野草莓Fragaria_vesca_subsp_vescaGCF_000184155.1_FraVesHawaii_1.0支持支持支持支持
68中国白梨Pyrus_bretschneideriGCF_000315295.1_Pbr_v1.0支持支持支持
69芝麻Sesamum_indicumGCF_000512975.1_S_indicum_v1.0支持支持支持
70小球藻Chlorella_variabilis_NC64AGCF_000147415.1_v_1.0支持支持
71双峰骆驼Camelus_bactrianusGCF_000767855.1_Ca_bactrianus_MBC_1.0支持支持支持
72仓鼠Mesocricetus_auratusGCF_017639785.1_BCM_Maur_2.0支持支持支持(无细胞注释及细胞通讯部分)支持
73杨树Populus_deltoidesJGI_WV94.v2.1支持支持支持
Populus_alba_x_Populus_glandulosaCNCB_v2019-10-12支持支持
74茶树Camellia_sinensisCSS_ChrLev_20200506支持支持
75黄连Coptis_chinensisGCA_015680905.1_ASM1568090v1支持支持
76互生链隔孢菌Alternaria_alternataJGI_v2019-11-14支持支持
77银鲫Carassius_auratusCNCB_v2022-05-26支持支持
78鲫鱼Carassius_gibelioCNCB_v2022-05-26支持支持
79菊花Chrysanthemum_x_morifoliumfigshare_v2023-03-14支持支持
80橘子Citrus_clementinaJGI_Citrus_clementina_v1.0支持支持
81七星瓢虫Coccinella_septempunctataInsectBase_GCA_907165205.1支持支持支持
82莴苣Lactuca_sativaGCF_002870075.4_Lsat_Salinas_v11支持支持支持
83香雪球Lobularia_maritimaCNCB_v2020-12-21支持支持
84芒草Miscanthus_sinensisJGI_v7.1支持支持
85紫花苜蓿Medicago_sativafigshare_v2020-07-09支持支持
86雪貂Mustela_putorius_furoGCF_011764305.1_ASM1176430v1.1支持支持支持
87银鲑Oncorhynchus_kisutchGCF_002021735.2_Okis_V2支持支持支持
88弓形虫Toxoplasma_gondii_GT1GCA_000149715.2_TGGT1支持支持
toxodb_v2023-04-18支持支持
89黄曲霉菌Aspergillus_flavusEnsembl-release-57支持支持
90小巢状麴菌Aspergillus_nidulansjgi-v2011-02-04支持支持
91蚂蚁Camponotus_floridanusGCF_003227725.1_Cflo_v7.5支持支持支持
92椰子Cocos_nuciferaGCA_008124465.1_ASM812446v1支持支持
93山毛榉Fagus_sylvaticaThinesLab_version_2支持支持
94西花蓟马Frankliniella_occidentalisGCF_000697945.3_Focc_3.1支持支持
95江豚Neophocaena_asiaeorientalis_asiaeorientalisGCF_003031525.2_Neophocaena_asiaeorientalis_V1.1支持支持支持
96橄榄树Olea_europaea_var_sylvestrisolivegenome_v2023-11-01支持支持
97牡丹Paeonia_ostiiCNCB_v2022-05-31支持支持
98杜鹃Rhododendron_simsiiGCA_014282245.1_ASM1428224v1支持支持
99金线鲃Sinocyclocheilus_grahamiGCF_001515645.1_SAMN03320097.WGS_v1.1支持支持支持
100茄子Solanum_melongenasolgenomics_V4.1支持支持